Die Wahl des Standortes ist für den Gesundheitszustand des Bonsai von grösster Wichtigkeit!Soll der richtige Standort für einen Bonsai gefunden werden, muss man sich zunächst über die Herkunft der betreffenden Baumart informieren. Der natürliche Standort des einheimischen Bonsai ist das Freiland.
Je nach Herkunft der verschiedenen Baum-Arten reicht die Auswahl des Standortes während der Sommermonate von vollsonnig (z.B. Kiefern und Eichen) über halbschattig (z.B. Buche und Azalee) bis schattig (z.B. geschwächte Bonsai). Einige frostempfindliche Arten werden während der Wintermonate an einen kühlen und hellen Platz im Haus untergebracht. Die übrigen Bonsai werden im Winter beispielsweise ins Erdreich eingesteckt und mit einem Schutz aus Holzwolle und Reisig versehen. Im Winterquartier können Freiland-Bonsai auch Schnee und Frost vertragen.
Im Frühling sind alle Bonsai, möglichst bei trübem Wetter, wieder an den Standort für die Sommermonate zu gewöhnen.
Es ist auch möglich, einen Freiland-Bonsai für Stunden bis wenige Tage in der Wohnung aufzustellen. Dabei darf der Temperaturunterschied zwischen natürlichem Standort und Wohnung nicht zu gross sein. Für entsprechende Luftfeuchtigkeit und ausreichende Lichtverhältnisse muss unbedingt gesorgt werden.