Anfangs ist es schon möglich, sich mit bereits vorhandenem Garten-Werkzeugen wie Rosenschere und Seitenschneider zu recht zu finden und zu begnügen. Auf die Dauer sind aber für das Gelingen einer Bonsai-Gestaltung, Formerhaltung, aber auch für die Pflegemassnahmen geeignete Spezial-Werkzeuge unentbehrlich. Mit den schmalen Bonsai-Scheren z.B. können sie alle Zweige und Wurzeln erreichen ohne unnötigen Schaden am Bonsai anzurichten.
Die Bonsai-Zange für den Konkavschnitt hinterlässt eine Wunde, die rasch und ohne unschöne Vernarbung sich schliesst und abheilt.
Da sich die Verheilung einer grösseren Wunde über längere Zeit hinziehen kann, ist es notwendig, den Wundbereich mit einem Wund- verschlussmittel vor holzzerstörenden Bakterien und Pilze zu schützen. Ein wichtiges Gestaltungsmittel bei der Bonsai-Gestaltung ist das Drahten. Neben verschiedenen Drahtstärken benötigt man eine Drahtzange. Diese ist zum Entdrahten so konstruiert, dass bei ihrer Anwendung eine gute Kraftübertragung möglich ist, und die Rinde nicht verletzt wird.